Z początkiem istnienia parafii związana jest bardzo barwna postać ks. dra Stanisława Sychowskiego, ówczesnego proboszcza parafii śliwickiej, który był inicjatorem budowy kościoła i powstania parafii w Zdrojach, która powstała 1 kwietnia 1924 roku na podstawie dekretu biskupa chełmińskiego Augustyna Rosentretera . W skład nowo utworzonej parafii weszły następujące miejscowości: z parafii śliwickiej – Zdroje ze Smolarnią i Gajdówką, Ludwichowo, Trzebciny i Wielkie Gacna, z parafii cekcyńskiej – Zielonka i Huta, z parafii drzycimskiej – Suchom i Jakubowo, natomiast z parafii oskiej – Pruskie. Ponadto w skład nowej parafii weszły dwie osady leśne: Jelenia Góra i Zacisze.
Budynek kościoła powstał dzięki staraniom księdza dra Stanisława Sychowskiego. 20 kwietnia 1914 roku zakupiono od Stanisława Kobusa gospodarstwo o powierzchni 16 mórg ziemi z domem mieszkalnym i zabudowaniami w Zdrojach za sumą 10800 marek niemieckich. Pozwolenie na budowę kościoła uzyskano 17 sierpnia 1915 roku, a 9 lipca 1916 roku wmurowano kamień węgielny. Budowę ukończono na początku 1919 roku, choć poświęcenie kościoła nastąpiło już w lipcu 1918, dokonał tego ksiądz Dzięgielewski. 1 kwietnia 1919 roku powołano pierwszego kuratusa, został nim ksiądz Jan Zell, który zmarł 14 marca 1920 roku na czarną ospę. Pochowany został na przykościelnym cmentarzu.
Kościół w Zdrojach jest pod wezwaniem św. Mateusza, apostoła i ewangelisty, dla uczczenia największego dobroczyńcy i dobrodzieja parafii księdza radcy Mateusza Splonkowskiego, który wspomagał finansowo budowę kościoła. Zmarł 12 kwietnia 1916 roku. Figura patrona parafii, św. Mateusza umieszczona została w głównym ołtarzu.
Kościół ma 30 metrów długości i 11 metrów szerokości jest jednonawowy. Posiada 38-metrową wieżę, nawiązującą do stylu barokowego. W wieży znajdują się dwa dzwony. Większy o wadze 350 kg, który zawisł w trakcie budowy kościoła oraz mniejszy, ważący 55 kg ufundowany przez parafian w 1966 roku, z okazji 1000-lecia Chrztu Polski. Prezbiterium zorientowane jest na wschód. Od strony południowej kościoła znajduje się przykościelny cmentarz, na którym pochowani są zmarli proboszczowie parafii Zdroje: ks. Jan Zell, ks. Jerzy Rahmel wraz z matką oraz ks. Mieczysław Manikowski.
Księdza Jana Zella zastąpił ks. Józef Alojzy Wilemski, który był kuratusem parafii zdrojeckiej od 1920 do 1927 roku, a 14 lipca 1927 roku został pierwszym proboszczem tej parafii.
Od 1919 roku istniało w Zdrojach Bractwo Matek Chrześcijańskich, skupiające 23 członkinie. W roku 1922 założne zostało Towarzystwo św. Wincentego a Paulo, liczące wówczas 30 członków. W 1924 roku powstała Straż honorowa. Trzy lata później , przy parafii zdrojeckiej zawiązało się Dzieło Rozkrzewiania Wiary, do którego należało 119 osób. W 1924 r. wyznaczono miejsce na cmentarz parafialny, położony ok. 600 m od kościoła, o powierzchni 1,68 ha. Podzielony alejką na dwie części. Rok później, na cmentarnym wzgórzu powstała kaplica Matki Boskiej z XVIII - wiecznym ołtarzem. Jej benedykcji w 1928 roku dokonał ks. biskup Stanisław Okoniewski. Dane z 1928 roku mówią, że parafię zdrojecka zamieszkiwało 1450 osób, w tym 1356 katolików i 92 ewangelików. W 1937 r. liczba ta wynosiła: 1627 katolików, 72 ewangelików i 2 prawosławnych, a w 1947 r. parafię zamieszkiwało 1427 katolików i 7 protestantów.
Następcą ks. Wilemskiego został ks. Jerzy Rahmel. Proboszczem parafii w Zdrojach był od 1 stycznia 1930 roku. Podczas jego posługi duszpasterskiej, w 1934 roku, wybudowana została przy kościele nowa plebania. W tym samym roku z jego inicjatywy powstało Stowarzyszenie Kobiet ku czci serca Jezusa, liczące 30 osób. Od początku II wojny światowej ks. Rahmel niósł pomoc duszpasterską w trzech parafiach: zdrojeckiej, cekcyńskiej i tucholskiej. Przez cały ten okres ukrywał księdza proboszcza Jana Lipkowskiego, a także sędziego sądu grodzkiego w Gniewie Łucjana Kosidowskiego. Decyzją biskupa chełmińskiego z 29 lipca 1943 roku ks. Rahmel do zakończenia II wojny światowej obsługiwał prócz parafii w Zdrojach, również parafię Bysław, Cekcyn, Mędromierz i Tuchola. Ksiadz Jerzy Rahmel zmarł 19 kwietnia 1952 roku i pochowany został na przykościelnym cmentarzu.
Kolejnym proboszczem parafii św. Mateusza w Zdrojach został ks. Mieczysław Manikowski. Za jego czasów, w 1965 roku po raz pierwszy wymalowana została kaplica św. Rocha, natomiast w l. 1975-76 wymalowano wnętrze kościoła. W 1965 roku kapitalnemu remontowi poddane zostały organy kościelne, znajdujące się tam od raku 1924. Organy wykonała niemiecka firma E.F.Walker Ludwigsburg - Wurtt. Rok później przeprowadzono generalny remont plebanii. W roku 1974 przeprowadzono remont dachu kaplicy cmentarnej, a w 1978 dachu plebanii pokrywając go dachówką. Ksiądz Mieczysław Manikowski zmarł 27 czerwca 1979 roku, został pochowany na przykościelnym cmentarzu.
Dnia 15 lipca 1979 roku wikariuszem - ekonomem parafii w Zdrojach mianowany został ks. Antoni Stefanowski, dotychczasowy wikariusz parafii Cekcyn. 25 sierpnia 1979 roku ks. Stefanowski został proboszczem zdrojeckim. Dnia 16 listopada 1980 roku ze względu na stan zdrowia ks.Stefanowski został odwołany z pełnienia obowiązków parafii Zdroje i przeniesiony do parafii pw. Najświętszej Maryi Panny w Redzie.
Następcą ks. Stefanowskiego został ks. Roman Benkowski. Za jego probostwa wybudowano dom katechetyczno - gospodarczy. W 1981 roku, aby zapobiec osiadaniu murów w kościele, wykonano też zabezpieczenia poprzez zabetonowanie stalowych wzmocnień. W latach 1983-1986 kościół został na nowo otynkowany. Ksiądz Benkowski był także inicjatorem budowy utwardzonej drogi na cmentarz parafialny (1988). W latach 1990-1992 wymalowano wnętrze kościoła, wykonano także malowidła ścienne o tematyce biblijnej. W tym okresie założono również instalację nagłaśniającą, która po raz pierwszy została wykorzystana pod koniec 1992 roku. W latach 1991-1992 przeprowadzono gruntowny remont kaplicy cmentarnej. Parafią zdrojecką ks. Benkowski kierował do września 1994 roku. Następnie przeniesiony został do sąsiedniej parafii Cekcyn, w której także został proboszczem.
W 1994 roku proboszczem został ks. dr Gerard Kulwicki. Posługę duszpasterską w Zdrojach pełnił do 1997 roku.
Od 30 czerwca 1997 roku proboszczem był ks. Leszek Grzela, który przybył do Zdrojów z parafii pw. Świętego Krzyża w Tczewie. W 1999 roku przeprowadzono remont kościelnych organów. Za probostwa ks. Grzeli cały teren kościoła został ogrodzony. W 2003 w parafii zdrojeckiej miała miejsce wizytacja księdza biskupa. W 2006 roku na kościele wymieniona została dachówka.
Od 2013 roku proboszczem zdrojeckiej parafii jest ks. Sylwester Bober.
W parafii Zdroje poczesną rolę odgrywali zawsze organiści. Pierwszym organistą był Wiktor Bukowski, który pełnił tę funkcję w l. 1924-1926. Po jego rezygnacji organistą, a zarazem kościelnym, został Ignacy Ewertowski. Założył on przy kościele orkiestrę dętą. Następnym organistą został Antoni Bruchwalski, który pełnił tę funkcję w l. 1930-1946. W listopadzie 1946 roku organistą - kościelnym został Franciszek Malik. Po jego śmierci funkcję tę pełnił jego syn, Ryszard. Od 1 października 1969 roku organista został Stanisław Szamocki ze Zdrojów.
Główną uroczystość odpustową obchodzi się w najbliższą niedzielę po św. Mateuszu (21 września), tytularnym patronie kościoła. Co trzeci rok w parafii Zdroje obchodzone są dożynki gminne. Każdego roku 16 sierpnia, w dniu św. Rocha, odbywa się procesja do figury św. Rocha, ustawionej około kilometra od centrum wioski, na miejscu byłego cmentarza cholerycznego z lat 1990-1991. Metalowy słup z figurą św. Rocha ( drugiego patrona parafii) stanął za czasów ks. Jerzego Rahmla.
B. Puchowski, Zarys dziejów parafii Zdroje , w: J. Ragin - Szczęsna, B. Puchowski, Boże Męki, kapliczki i krzyże przydrożne gminy Cekcyn, Stowarzyszenie na Rzecz Ocalenia Śladów Przeszłości w Gminie Cekcyn "Światło", Cekcyn 2006
